Az Európai Bizottság leginkább azt vizsgálja, hogy a minisztériumokon belül működő irányító hatóságok befolyástól mentesen, függetlenül döntenek-e a pályázatokról – mivel az uniós jog erre kötelezi őket. Ha nem sikerül megegyezni Brüsszellel, és az elemzés súlyos hiányosságokat tár fel, akár az összes Magyarországnak járó uniós támogatás kifizetését felfüggeszthetik.
