Az ügyben eljáró bíró elrendelte a volt államfő vagyonának lefoglalását is. A vádak szerint Flores 1999 és 2004 közti elnöksége alatt 5,3 millió dollárnyi közpénzt sikkasztott el, és azt a tízmillió dollárt is szabálytalanul kezelte, amelyet egy földrengés utáni újjáépítésre kapott az ország Tajvantól. Flores jelenleg Panamában tartózkodik, ha nem találják meg, nemzetközi körözést adnak ki ellene.
